Pojemniki na odpady medyczne są bardzo ważnym elementem całego procesu ich bezpiecznej utylizacji. W zależności od rodzaju takich odpadów wykorzystuje się worki foliowe, papierowe lub utwardzone pojemniki, które są dostarczane w różnych kolorach, w zależności od docelowego kodu odpadu, który ma być w nich przechowywany. Istotne jest także właściwe oznaczenie pojemnika lub worka z odpadami.