Probiotyki niestety nie leczą w ten sposób, że uzupełniają bakterie których brakuje w mikrobiocie. A zaburzenia w składzie, szczególnie po leczeniu antybiotykami powodują większą podatność na choroby, jak zakażenie clostridium difficile. W leczeniu takich zmian wykorzystuje się transplantacje mikrobioty jelitowej dokładnie opisane na https://human-biome.com/ .